Pelo largo
 
Las razas de pelo largo no son recomendables para dueños inexperimentados, ya que exigen mucho tiempo y dedicación para la manutención e higiene del pelo. Si los dueños se olvidan o si simplemente quieren una manutención más fácil, el pelo de los conejillos de Indias es por veces cortado. Frecuentemente el pelo es amarrado por secciones para que no se ensucie o quede enmarañado.
 
Peruano – El pelo liso y largo cae simétricamente para los lados del cuerpo del conejillo, creando una larga raya al centro del dorso. El pelo crece encima de los ojos, pudiendo llegar a los 30 cm. Existe también la variedad Satinado, cuando el pelo mantiene las características mencionadas pero es más suave y brillante.
 
Silkie o Sheltie – Originalmente apellidados de Angora, los Shelties son muy similares a los Peruanos, también con el pelo largo, pero al revés de hacer un flequillo el pelo crece en la dirección opuesta, sobre el dorso. Con el mismo tipo de pelo, pero en una versión más brillante existe la variedad Satinado.
 
Coronet – Este conejillo de Indias tiene el pelo largo y liso, pero presenta un remolino de pelos, o roseta, al topo de la cabeza. No tiene más rosetas en el cuerpo.
 
Texel – Con el pelo largo y ondeado, son los conejillos de más difícil manutención. El cuerpo es corto pero su cabeza es ancha.
 
Merino – Esta raza tiene el pelo largo y escarolado y presenta una roseta en la cabeza.
 
Alpaca – Similar al Texel pero con el pelo creciendo para delante de los ojos, haciendo un flequillo.
 
 
Pelo corto
 
Más fáciles de mantener, el pelo de estas variedades no excede los 3 cm.
 
Inglés – Estos conejillos de Indias tienen el pelo corto y liso y pueden ser de un cualquier color. También existe la variedad Satinada.
 
Abisinio – Con un aire despeinado, el Abisinio presenta un pelo áspero con rosetas (remolinos de pelo). El pelo puede ser un poco más largo que el normal para un conejillo de Indias de pelo corto. Las rosetas deben de ser simétricas y bien definidas. Para fines de exposición el conejillo tendrá que poseer al mínimo ocho rosetas, sino diez como deseable. Puede venir en varios colores o sólo en uno sólido. La variedad de pelo brillante es el Abisinio Satinado.
 
Coronado – Parecido al Inglés, el Coronado se distingue por la roseta que tiene en la cabeza. Hay dos variedades:
• Coronado Americano (White Crested), donde el blanco se ciñe a la roseta y el cuerpo es de un diferente color;
• Coronado Inglés, donde la roseta es del mismo color del pelo del cuerpo. Si tiene la roseta y el cuerpo blancos se llama todavía Coronado Inglés.
 
Teddy – Presenta el pelo corto y hirsuto, dándole un aire despeinado. También existe la versión Satinada de este tipo.
 
Rex – Es idéntico al Teddy pero genéticamente diferente.
 
 
Sin pelo
 
Estos tipos han sido creado originalmente para fines laboratoriales, por eso tienden a poseer sistemas inmunitarios muy frágiles y su introducción en el mercado ha generado alguna controversia. Los tipos sin pelo son más sensibles al cambio de la temperatura y normalmente comen más para mantener la temperatura corporal.
 
Baldwin – Estos conejillos de Indias no presentan cualquier tipo de pelo. Aunque han nacido con algún pelaje, la han perdido antes de llegar a adultos.
 
Skinny – Prácticamente sin pelo, estos conejillos pueden presentar algunas regiones corporales vellosas, como las patas, la nariz, la cabeza o incluso la espalda.
 
 
Colores
 
Unicolores – Pelaje constituido por un color sólido. Colores posibles:
 
• Azafrán
• Pajizo
• Blanco (ojos negros o rojos)
• Buff (crema oscuro)
• Chocolate
• Crema
• Dorado (ojos negros o rojos)
• Naranja
• Violeta
• Negro
• Slate (Azul/Gris)
• Rojo
 
 
Padrones
 
Tortuga – Pelo liso con un padrón rectangular negro y rojo. Estas unidades deben tener el mismo tamaño. La línea que divide las unidades debe de ser el medio de la espalda y de la barriga. Existe también el padrón Tortuga y Blanco, que además del negro y rojo presenta también pedazos de color blanco.
 
Brindle – Este pelaje es compuesto por dos colores, una más clara y una más oscura, dispersadas por todo el cuerpo.
 
Himalaia – Casi todo blanco, el Himalaia posee algunas zonas más oscuras, generalmente de color chocolate o negro, como los pies, las orejas y la nariz. Sus ojos son rojos.
 
Dálmata – El nombre ya lo dice. Este conejillo de Indias posee un pelaje blanco con manchas de color oscuro por todo el cuerpo.
 
Holandés – Este conejillo es bicolor: un color sólido cubre todo el cuerpo, excepto por una raya blanca en la espalda y en la barriga. Su hocico es también oscuro, pero atravesado por una raya blanca.
 
Roano – Este padrón es compuesto por dos colores que se encuentran dispersados uniformemente por todo el pelaje. Cerca de un pelo oscuro hay un claro y así sucesivamente, como pecas.
 
Agouti – Este padrón es muchas veces confundido con el Roano, ya que el efecto es muy similar. Aunque haya una combinación de dos colores, es mismo pelo que contiene las dos tonalidades.